Два года спустя после победы над Сефиросом, планета только начинает восстанавливаться после атаки Метеора. Выжившие жители Мидгара создали новый город (названный «Эдж» — «Edge», что в переводе с англиского значит «Предел», «Край»). По планете распространяется странная болезнь Геостигма. Появляются три загадочных «призрака» Сефироса — Кадаж(Kadaj), Лоз(Loz) и Язу(Yazoo). Последние пытаются вернуть к жизни «Мать»-Дженову. Основная их цель — поиск отрубленной Сефиросом головы «Матери», пережившей уничтожение её тела, но также они похищают больных Геостигмой детей, надеясь использовать их для Воссоединения — воскрешения «Матери».