Следует различать сюжеты манги и сериала, так как они отличаются не только в деталях сцен, но и контекстом происходящего. Сюжет сериала упрощен и урезан по сравнению с сюжетом манги, в сериале отсутствуют важные фрагменты или они были модифицированы. Сериал был снят по первым шести томам манги, сюжетные линии манги в конце сериала резко обрываются и имеют собственный финал. Начиная с восьмого тома, в манге начинаются совершенно новые сюжетные линии и появляются новые персонажи, поэтому дальнейшее сравнение манги и сериала бессмысленно.

Сюжет первых двух серий аниме-сериала соотносится с событиями первого тома манги, однако несколько отличается от оригинала, в котором мысли, воспоминания и эмоции главных героев показаны более подробно, чем в сериале, что позволяет читателю лучше понять происходящее.

Кроме сюжета есть различия и в образах главных героев. В сериале присутствуют более продолжительные сцены немотивированной жесткости диклониусов и количество убитых людей намного больше, чем в манге. Там же «сгущены краски» в изображении противостояния диклониусов друг с другом, а также с вооружёнными людьми. В манге вместо этого всё чаще появляются сцены фансервиса и интимных отношений главных героев.
«Векторы» диклониусов представляют собой невидимые руки
«Векторы» диклониусов представляют собой невидимые руки

Особенно заметна разница в следующей сцене: убежавшую Ню на пляже находят и Кота, и Юка, причем Бандо избивает их обоих. В первом томе манги сказано про то, что Ню идёт в те места, которые знает, для того, чтобы избежать опасности. Бандо точно рассчитывает, что Люси будет на пляже. После ряда совпадающих событий в манге и в сериале, по манге Люси желала убить искалеченного Бандо и уже была готова сделать это, однако в самый последний момент превратилась в Ню. Превращение в Ню часто идёт после воспоминаний Люси об обезглавленной сестре Кота. В манге отмечается, что Люси одного возраста с убитой сестрой Коты. Предположительно, Ню — это бессознательно обезвреживающая саму себя Люси, а ранение сыграло лишь роль катализатора. Юка в больнице ничего не сказала полицейским про Ню/Люси, с детства ревнуя Коту и мечтая о нём. Позже Ню вернулась к Коте, но лишь для того, чтобы извиниться перед ним и отдать Коте ракушки, после чего он сам оставляет Ню у себя.

В сериале зрителю также дают понять, что примерно через 5 лет, если ничего не сделать, почти каждый обычный человек на том острове будет заражён вирусом диклониусов и их дети уже будут диклониусами, не способными к продолжению своего рода. В манге Какудзава подготавливает всеобщее заражение вирусом всех людей через один год, которое успешно осуществляет.