Третий сезон продолжает основную сюжетную линию фильма. «Мифрил» делает своё обычное дело, противодействует террору и экстремизму, помогает гасить локальные конфликты. Похоже, Тидори Канаме уже ничего не угрожает, и командование чем дальше, тем больше задаётся вопросом: какой смысл держать возле девушки Сагару, который нужен для боевой работы и испытаний «Арбалеста»? Главные герои тем временем заканчивают школу. Сагара впервые задумывается: что же он будет делать дальше? Каким он хочет видеть своё будущее? В третьем сезоне снова появляются боевые сцены. Война показана жестоко и натуралистично. Более не упоминается про СССР и КГБ, война идёт с террористами, зато у «Мифрила» обнаруживается достойный соперник: организация «Амальгама», одним из руководителей которой является, как оказывается, Леонард Тестаросса — брат Тессы.
Эта часть сериала более подробно раскрывает прошлое Сагары, Тессы и Мелиссы Мао. В нескольких сериях показана служебная деятельность Тессы, её взаимоотношения с командованием «Мифрила». Из появившихся новых персонажей интересна пара сестёр-боевиков Юй Фан и Юй Лан — девушки, ровесницы Сагары, воспитанные как совершенные убийцы-профессионалы, абсолютно преданные учителю. Они и Сагара олицетворяют два разных варианта судьбы, две возможности: «дети войны», начавшие с одного и того же, становятся очень разными. Сагара, которого нашёл Калинин, вырос нормальным человеком, пусть и не без странностей; сёстры, оказавшись воспитанницами своего учителя, не сохранили ничего человеческого, кроме разве что любви друг к другу.
